The Biological Collection Access Service for Europe, BioCASE, is a transnational network of biological collections of all kinds. BioCASE enables widespread unified access to distributed and heterogeneous European collection and observational databases using open-source, system-independent software and open data standards and protocols.

BioCASE technology:

Often the word BioCASE is used to refer to the technology that was created during the BioCASE project. Specially the BioCASE protocol and the BioCASE provider software. This technology makes it possible to connect an arbitrarily structured database to the GBIF and BioCASE network.

Check the BioCASE Unit network page for more info

BioCASE builds on the predecessor projects CDEFD, BioCISE, and ENHSIN. These laid the groundwork for implementing a fully functional service unlocking the immense biological knowledge base formed by biological collections.

During BioCASE's EU-funded project phase (2001-2004), partners from 31 countries established the network, starting with meta-information on thousands of biological collections, and followed by a unit-level access network. "Unit-level" data refer to individual collection or observation units, i. e. individual specimens or observation records. In contrast, "collection-level metadata" consist of records describing entire collections of such units. This information comes in formats ranging from XML and text data to high-resolution images and even video files.

The continuous development of BioCASE, as well as user and data provider support, was or is supported by the European Union projects ENBI and SYNTHESYS, as well as by other initiatives such as the GBIF mirror and replication project.

BioCASE and GBIF - Common and complementary features

GBIF, the Global Biodiversity Information Facility is a mega-science project with the aim "to make the world's primary data on biodiversity freely and universally available via the Internet" (www.gbif.org). GBIF currently focuses on species checklist data (to create an Electronic Catalogue of Named Organisms) and on the mobilisation of primary species occurrence data ("unit-level data", i.e. specimen or observation records).

BioCASE and GBIF have overlapping objectives. Both cover collection data, but GBIF concentrates on digitised unit-level resources, whereas BioCASE includes also metadata on non-databased collections. On the other hand, GBIF is of global scope and also covers species data resources, while European collections are the focus of the present BioCASE project (European in the sense of the EU research funding). This is also true for the BioCASE-related work packages in the European Network for Biodiversity Information (ENBI), in Species 2000europa, and in Networking Activity D of the SYNTHESYS project, initiated by the Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF).

GBIF and BioCASE share the same philosophy of open access to data resources. All software developed by BioCASE is published under a public license. Data providers installing a BioCASE wrapper accept that they in effect publish their data on the Internet. Neither GBIF nor BioCASE exclude others to build specialised portals using the data sources and making use of the software and services developed for the public domain, as long as the provisions made by the data providers are respected.

GBIF has taken up technical developments of BioCASE:
GBIF accepted the draft ABCD schema in 2002 as a future collection data standard for unit-level data (i.e. data on specimens and observation records). ABCD was developed with major input from BioCASE (and one of its predecessor, ENHSIN), building on information models developed by CDEFD, BioCISE, and, inter alia, the Recorder project in Britain. ABCD is used for data transmission in the BioCASE network. Apart from allowing to provide very detailed data to support data mining and future research applications, ABCD also supports extensive metadata on intellectual property rights (IPR) and other rights, thus ensuring that data providers can make their claims as to copyright, proper accreditation, and utilisation of their data. ABCD has been accepted as a standard by the Taxonomic Databases Working Group in 2005.

After a working prototype was developed in 2003, GBIF also accepted the BioCASE data transmission protocol as an alternative to the DiGIR protocol BioCASE will provide full access to its registry for GBIF. Being a BioCASE provider thus means being a GBIF provider in the future.



The Biological Collection Access Service for Europe, BioCASE (Service for tilgang til biologiske samlinger i Europa, BioCASE), er et tværnationalt netværk for biologiske samlinger af enhver slags. BioCASE giver ensrettet adgang til spredte og heterogene Europæiske samlinger og databaser ved brug af fri adgang, system-uafhængige programmer og fri data standarder og protokoller.

BioCASE teknologi:

Ordet BioCase er ofte brugt til at referere til den teknologi som blev skabt gennem BioCASE projektet. Især BioCASE protokollen og BioCASE leverandør programmel. Denne teknologi gør det muligt at koble en tilfældig struktureret database til GBIF og BioCASE netværket.

Se BioCASE Unit netværkssiden for mere information.

BioCASE bygger på forgængerne CDEFD, BioCISE, and ENHSIN. Disse lagde fundamentet for at kunne udføre en fuld funktionel service til at åbne op for den store mængde biologisk viden som ligger i de biologiske indsamlinger.

Igennem den EU finansierede projekt periode (2001-2004) af BioCASE, etablerede partnere fra 31 lande netværket, startende med meta-information af tusinde biologiske samlinger, efterfulgt af enheds-baserede tilgængeligheds netværk. "Enheds-baserede" data referer til individuelle samlinger eller observations enheder, dvs. individuelle eksemplarer eller observations optegnelser. I kontrast hertil, består "samlings-baserede metadata"af optegnelser som beskriver hele samlinger af sådanne enheder. Denne information kommer i formater rækkende fra XML og tekst data til højt opløselige billeder og endda video filer.

Den kontinuerlige udvikling af BioCASE, såvel som bruger og data leverandør støtte, var og er støttet af den Europæiske Unions projekter ENBI og SYNTHESYS, såvel som af andre initiativer såsom GBIF spejl- og gentagelsesprojekt.

BioCASE og GBIF - fælles og komplementære træk

GBIF, Global Biodiversity Information Facility er et mega-videnskabs projekt som har det mål at "gøre verdens primære data om biologisk mangfoldighed frit og universelt tilgængeligt via Internettet" (www.gbif.org). GBIF fokuserer i øjeblikket på arts liste data (til at udarbejde et Elektronisk Katalog over Navngivne Organismer) og på mobilisering af data om forekomsten af arter ("enheds-baseret data", dvs. eksemplar og observations optegnelser).

BioCASE og GBIF har overlappende mål. Begge omfatter samlings data, men GBIF koncentrere sig om digitaliserede enheds-baserede ressourcer, mens BioCASE også inkluderer metadata af ikke-databaserede samlinger. På den anden side, GBIF er global og dækker også arts data ressourcer, mens de Europæiske samlinger er fokus for det nuværende BioCASE projekt (Europæisk i forstand af den EU forsknings finansierede). Dette er også sandt for de BioCASE relateret arbejdsopgaver i European Network for Biodiversity information (ENBI), i Species 2000 europa, og i Networking Activity D af SYNTHESYS projektet, startet af Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF).

GBIF og BioCASE deler samme filosofi med hensyn til fri adgang til data ressourcer. Alt programmel udviklet af BioCASE er udgivet under en offentlig tilgængelig licens. Data leverandører som installerer en BioCASE "wrapper" accepterer at de faktisk publicere deres data på Internettet. Hverken GBIF eller BioCASE ekskluderer andre fra at bygge specialiserede portaler anvendende data ressourcerne og gøre brug af programmel og service udviklet for den offentlige domæne, så længe at de forholdsregler udarbejdet af data leverandørerne respekteres.

GBIF har taget op tekniske udviklinger fra BioCASE:
GBIF accepterede udkastet til ABCD planen i 2002 som en fremtidig samlings data standard for enheds-baserede data (dvs. data af eksemplarer og observations optegnelser). ABCD blev udviklet med stor tilførsel fra BioCASE (og en af dens forløbere, ENHSIN), byggende på informations modeller udviklet af CDEFD, BioCISE, og, blandt andre, Recorder projektet i Storbritannien. ABCD anvendes til data overføring i BioCASE netværket. Bortset fra at tillade, at meget detaljerede data til understøttelses af "data mining" og fremtidige forsknings ansøgninger tilvejebringes, støtter ABCD også omfattende metadata af intellektuel ejendoms rettigheder (IPR) og andre rettigheder, herved sikrende at data leverandørerne kan fremsige deres krav om copyright, passende akkreditering, og brug af deres data. ACBD er accepteret som standard af Taxonomic Databases Working Group i 2005.

Efter at en arbejdsprototype var udviklet i 2003, accepterede GBIF også BioCASE data overførsels protokollen som et alternativ til DiGIR protokollen. BioCASE vil give fuld tilgang til dens register til GBIF. At være en BioCASE leverandør betyder hermed at være en GBIF leverandør i fremtiden.



Eurooppalainen biologisten kokoelmien hakupalvelu (BioCASE) on kansainvälinen biologisten kokoelmien verkosto. BioCASE mahdollistaa pääsyn erilaisten eurooppalaisten kokoelmien ja havaintotietokantojen aineistoihin käyttäen avoimia järjestelmistä riippumattomia ohjelmia sekä yhteiskäytäntöjä ja standardeja.

BioCASE teknologia

Sanaa BioCASE käytetään usein viittaamaan teknologiaan joka kehitettiiin BioCASE-projektin aikana. Erityisesti koskien BioCASE protocol ja BioCASE provider ohjelmistoja. Tämä teknologia mahdollistaa eri tavoin rakentuneen aineiston yhdistämisen GBIF ja BioCASE verkostoihin.

Lisätietoja saat BioCASE kohde verkostot -sivulta

BioCASE perustuu edeltäviin projekteihin CDEFD, BioCISE ja ENHSIN. Nämä toimivat perustana toimivalle palvelimelle, joka mahdollistaa biologisten kokoelmien sisältämien tietojen vapaan käytön.

BioCASE-projektin EU-rahoituskaudella (2001-2004) osallistujat 31 maasta perustivat ensin metatiedon verkoston, johon kuuluu tuhansia biologisia kokoelmia. Tätä seurasi kohdetason verkosto. "Kohdetason" aineisto viittaa yksittäisiin kokoelmanäytteisiin tai havaintoihin. "Kokoelmatason" metatieto viittaa sensijaan kokonaisiin kokoelmiin, joihin siis yksittäiset kohteet sisältyvät. Aineisto on eri muodoissa, kuten XML- ja tekstimuodossa tai esimerkiksi korkean resoluution kuvina tai videotiedostoina.

BioCASE-projektin kehittämistä sekä aineiston käyttöä ja toimittajia ovat tukeneet tai tukevat EU-projektit ENBI ja SYNTHESYS sekä muut tahot kuten GBIF mirror and replication.

BioCASE ja GBIF - Yhteiset ja täydentävät ominaisuudet

GBIF (the Global Biodiversity Information Facility) on suuren luokan tieteellinen projekti, jonka päämääränä on saada erilaiset maailman biodiversiteettiin liittyvät aineistot vapaasti saavutettaviksi internetin kautta (www.gbif.org). Tällä hetkellä GBIF keskittyy lajilista-aineistoihin (elektronisen luettelon luomiseksi nimetyille organismeille) ja lajien esiintymisaineistojen kokoamiseen ("kohdetason aineistot" eli näytteet tai havainnot).

BioCASE ja GBIF -projekteilla on yhteneväiset tavoitteet. Molemmat sisältävät kokoelma-aineistoa, mutta GBIF keskittyy digitaalisiin kohdetason ainistoihin, kun taas BioCASE sisältää myös metatietoja ei-aineisto pohjaisista kokoelmista. Toisaalta GBIF sisältää maailmanlaajuisia lajiaineistoja, mutta BioCASE keskittyy tällähetkellä Eurooppalaisiin kokoelmiin (Eurooppalainen tarkoittaen Eurooppalaista tutkimusrahoitusta). Tämä koskee myös BioCASE-projektiin liittyviä työskentelypaketteja projekteissa ENBI (European Network for Biodiversity Information), Species 2000europa, ja SYNTHESYS projektissa Networking Activity D, jonka on pannut alulle CETAF (Consortium of European Taxonomic Facilities).

Molemmat GBIF ja BioCASE perustuvat aineiston avoimen julkaisemisen periaatteeseen (open access). Kaikki BioCASE-projektin kehittämät ohjelmistot ovat julkisesti käytettävissä. Aineiston tuottajat hyväksyvät aineistonsa julkaisun internetissä. Kumpikaan GBIF tai BioCASE eivät estä muiden vastaavien portaalien rakentamista, jotka käyttävät julkisia aineistoja ja ohjelmia kunhan aineistojen toimittajien asettamia ehtoja noudatetaan.

GBIF-projekti on seurannut BioCASE-projektin teknistä kehittymistä:
GBIF hyväksyi alustavan ABCD-mallin vuonna 2002 tulevien kokoelmien standardiksi kohde-tason aineistolle (eli laji- ja havaintoaineistot). BioCASE-projektilla (ja yhdellä sen edeltäjistä ENHSIN) oli suuri osuus ABCD-mallin suunnittelussa, joka rakentuu CDEFD, BioCISE ja inter alia (tallennus projekti Isossa Britanniassa) -projektien informaatiomalleihin. ABCD on käytössä aineiston siirrossa BioCASE-verkostossa. Aineiston tuottamisen tuleville tutkimusprojekteille ja tiedonrikastamisen lisäksi ABCD tukee kattavaa meta-aineistoa immateriaalioikeuksista (IPR) ja muista tekijänoikeuksista. Näin ABCD turvaa aineiston tuottajien valtuuksia tietoihinsa ja tekijänoikeuksia. ABCD:n hyväksyi standardiksi vuonna 2005 Taxonomic Databases -työryhmä.

Prototyypin kehittämisen jälkeen 2003, GBIF hyväksyi BioCASE-ohjelmiston aineiston siirtämismenetelmät vaihtoehtona DiGIR protokollalleen. BioCASE mahdollistaa täyden pääsyn aineistoihinsa GBIF-ohjelmiston kautta. Näin ollen aineiston toimittaja BioCASE-projektille on vastaava myös GBIF-projektille.



Biological Collection Access Service for Europe (BioCASE) est un réseau transnational de collections biologiques de tout type. Utilisant des logiciels, des standards ainsi que des protocoles "open-source" et portables, BioCASE permet un accès unifié aux bases de données hétérogènes et distribuées stockant des données de collections et d'observations européennes.

La technologie BioCASE

Le terme BioCASE est souvent utilisé pour désigner la technologie créée lors du projet BioCASE, plus particulièrement le protocole BioCASE et le logiciel pour les fournisseurs (BioCASE provider software). Cette technologie permet de connecter n'importe quel type de base de données structurée au GBIF et au réseau BioCASE.

Pour plus d'informations, veuillez consulter la page The BioCASE Unit network

BioCASE repose sur les projets CDEFD, BioCISE et ENHSIN. Ces derniers ont mis en place les bases nécessaires à l'implémentation d'un service, permettant ainsi de débloquer l'accès à l'immense base de connaissances constituée par les collections biologiques.

Pendant la période de 2001 à 2004 du projet financé par l'Union Européenne, différents partenaires de 31 pays ont établi le réseau en deux phases : tout d'abord en créant un accès aux métadonnées de plusieurs milliers de collections biologiques puis en créant un accès aux données unitaires. Les "données unitaires" font référence aux individus et/ou aux unités de collection et d'observation, autrement dit les spécimens individuels ou les enregistrements d'observations. Parallèlement, les "métadonnées" sont des descriptions générales des collections. Les formats de ces données sont variables et vont des fichiers texte et XML jusqu'aux images à haute résolution et même des fichiers vidéos.

Le développement continu de BioCASE, tout aussi bien pour l'utilisateur que pour le fournisseur de données, était ou est supporté par les projets de l'Union Européenne ENBI et SYNTHESYS ainsi que par d'autres initiatives telles que le projet de réplication et de miroir GBIF.

BioCASE et GBIF : des fonctionnalités communes et complémentaires

GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est un système mondial d'information sur la biodiversité. Il s'agit d'un projet dit "mega-science" qui a pour but de faciliter l'accès aux données primaires de biodiversité de façon gratuite et universelle via Internet (www.gbif.org). GBIF se concentre actuellement sur la mise au point d'une liste de noms approuvés pour les espèces (pour créer un catalogue électronique des noms d'organismes) et sur la mobilisation des données unitaires concernant les espèces (données concernant les spécimens ou les observations).

BioCASE et GBIF se recoupent sur plusieurs points. Tous deux couvrent les données concernant les collections, GBIF se concentrant sur les données unitaires informatisées alors que BioCASE inclut également les métadonnées de collections non-informatisées. GBIF est un projet global et couvre ainsi toutes les ressources de données unitaires, tandis que BioCASE se focalise sur les collections européennes (collections alimentées par le fond de recherche européen). C'est également le cas pour les groupes de travail associés à BioCASE au sein de l'ENBI (European Network for Biodiversity Information), Species 2000europa, et l'activité "réseau D" (Network Activity D) du projet SYNTHESYS, projet initié par le CETAF (Consortium des Institutions Taxinomiques Européennes).

GBIF et BioCASE partagent la même philosophie d'accès libre aux données. Tous les logiciels développés par BioCASE sont publiés sous une licence publique. Les fournisseurs de données installant un "wrapper" BioCASE acceptent par ce fait la publication de leurs données sur Internet. GBIF et BioCASE n'excluent pas qu'un tiers développe des portails spécialisés en utilisant les données et les logiciels ainsi que les services développés pour le domaine public, tant que les conditions émises par les fournisseurs de données sont respectées.

Des développements techniques de BioCASE ont été intégrés par le GBIF :
GBIF a accepté en 2002 le schéma ABCD comme futur standard de description des données unitaires pour les collections. ABCD a été principalement développé avec les appuis fournis par BioCASE (et un de ses prédécesseurs, ENHSIN), fondé sur des modèles mis au point par CDEFD, BioCISE et le projet "Recorder" en Grande-Bretagne. ABCD est utilisé pour la transmission de données dans le réseau BioCASE. Outre le fait qu' ABCD supporte un jeu de données très détaillées pour le "data-mining" et de futures applications de recherche, ABCD supporte également des métadonnées étendues, telles que les droits de propriété intellectuelle (IPR) et autres droits, assurant ainsi aux fournisseurs de données les revendications telles que les copyright, l'accréditation et l'utilisation de leurs données. ABCD a été accepté comme standard par le Taxonomic Database Working Group (TDWG) en 2005.

Après le développement du prototype en 2003, GBIF a accepté le protocole de transmission de données BioCASE comme alternative au protocole DiGIR. BioCASE fournit un accès total à ses registres au GBIF. Cela signifie qu'un fournisseur de données BioCASE est par ce fait un fournisseur de données GBIF.



Der Biological Collection Access Service for Europe, BioCASE, ist ein transnationales Netzwerk biologischer Sammlungen der verschiedensten Arten. BioCASE ermöglicht den Zugriff auf verteilte, heterogene europäische Sammlungs- und Beobachtungsdatenbanken und nutzt konsequent betriebssystemunabhängige Open-Source-Software sowie offene Datenstandards und -austauschprotokolle.

BioCASE Technologie:

Der Begriff "BioCASe" wird häufig zur Bezeichnung der Technologien verwendet, die im Rahmen des BioCASE-Projekts entwickelt wurden, insbesondere für das BioCASe-Protokoll und die BioCASe Provider-Software. Diese Technologien ermöglichen es, eine beliebig strukturierte Datenbank and primäre Biodiversitätsnetzwerke wie BioCASE oder GBIF anzubinden.

Näheres dazu auf den Seiten des BioCASE Unit-level-Netzwerks.

BioCASE baut auf den Vorgängerprojekten CDEFD, BioCISE und ENHSIN auf. Diese legten die Fundamente für die Errichtung eines Netzwerkes, das die enormen Wissensmengen, die in den biologischen Sammlungs- und Beobachtungsdatenbanken weltweit verstreut liegen, zugänglich machen soll.

Während der EU-finanzierten BioCASE Projektphase (2001-2004) arbeiteten Partner aus 31 Ländern an der Errichtung des Netzwerkes zusammen, beginnend mit den Meta-Informationen zu tausenden biologischer Sammlungen, später gefolgt von einem Unit-Level-Netzwerk. "Unit-Level" bezieht sich dabei auf einzelne Sammlungs- oder Beobachtungsobjekte, d.h. konkrete Belege oder Beobachtungsdatensätze, wohingegen "Sammlungs-Metadaten" die Sammlungen insgesamt als solche näher beschreiben. Die Formate, in denen diese Daten vorliegen, reichen von XML- und Textdokumenten bis zu Tonaufnahmen und hochauflösenden Bildern und Videoclips.

Die ständige Weiterentwicklung von BioCASE und die Unterstützung der Nutzer (sowohl Datenanbieter als auch -konsumenten) wurde bzw. wird durch die EU-Projekte ENBI und SYNTHESYS sowie durch Initiativen wie das GBIF Mirroring-Projekt unterstützt.

BioCASE und GBIF - Gemeinsamkeiten und gegenseitige Ergänzung

GBIF, die Global Biodiversity Information Facility, ist ein "Mega-Science" Projekt mit dem Ziel, "die weltweit vorhandenen Information über die Artenvielfalt (Biodiversität) für jedermann kostenlos im Internet verfügbar zu machen" (www.gbif.org). Im Moment konzentriert sich GBIF auf Arten-Checklisten (um einen umfassenden elektronischen Katalog von Organismennamen zu erstellen) und auf die Mobilisierung primärer Biodiversitätsdaten ("Unit-Level Daten", also Belege und Beobachtungsdaten).

Die Ziele von BioCASE und GBIF überschneiden sich. Beide befassen sich mit Sammlungsdaten, allerdings konzentriert sich GBIF auf die digitalisierten Informationen auf Unit-Level, während BioCASE auch die Metadaten von Sammlungen umfaßt, die bisher noch nicht in digitaler Form vorliegen. Auf der anderen Seite ist GBIF global ausgerichtet und umfaßt auch Artinformationen (z.B. aus Checklisten), während sich BioCASE in der derzeitigen Projektphase auf europäische Sammlungen und Daten beschränkt. Dies gilt auch für BioCASE-bezogene Workpackages im European Network for Biodiversity Information (ENBI), in Species 2000europa und in der Networking Activity D des SYNTHESYS Projekts, das vom Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF) initiiert wurde.

GBIF und BioCASE vereint die gemeinsame Philosophie eines offenen Zugangs zu den vorhandenen Informationsresourcen. Software, die von und für BioCASE entwickelt wurde, steht unter einer public license. Datenanbieter, die die BioCASE Provider-Software nutzen, ermöglichen einen freien und unbeschränkten Zugang für jedermann über das Internet. Sowohl GBIF als auch BioCASe unterstützen die Errichtung thematisch oder nutzergruppenspezifischer Portale, die die bereits entwickelte Software nutzen - solange die Rechte der Datenlieferanten respektiert werden.

GBIF greift BioCASE-Entwicklungen auf:
GBIF hat das ABCD-Datenschema 2002 als einen zukünftigen Standard für Sammlungsdaten auf unit-level angenommen (d.h. auf Belege und Beobachtungen bezogene Daten). ABCD wurde nach großer Vorarbeit von BioCASE (und seines Vorgängers ENHSIN) entwickelt und basiert auf Datenmodellen, die u.a. in den Projekten CDEFD, BioCISE und Recorder entworfen wurden. ABCD wird für die Datenübertragung im BioCASE-Netzwerk verwendet. Neben einem enormen Detaillierungsgrad, der auch künftige Forschungsanwendungen ermöglicht, enthält ABCD einen umfangreichen Bestandteil zu Intellectual Property Rights (IPR), der sicherstellt, dass Datenlieferanten ihre Urheberrechte wahren und eine korrekte Verwendung der Daten durch entsprechende Maßgaben verlangen können. ABCD wurde 2005 als Standard der Taxonomic Databases Working Group angenommen.

Desweiteren akzeptierte GBIF 2003 das BioCASE-Übertragungsprotokoll als Alternative zum DiGIR protocol. BioCASE-Provider zu sein heißt also in Zukunft, auch GBIF-Provider zu sein.



The Biological Collection Access Service for Europe eða Líffræðilegt safnaaðgangskerfi Evrópu, BioCASE, er fjölþjóðlegt net líffræði safna af öllum gerðum. BioCASE er opin gagnagrunnur að mismunandi söfnum og öðrum rannsóknar gagnagrunnum dreift um Evrópu með því að styðjast við opinn aðgang, kerfisóháð stýrikerfi og opna upplýsingastaðla og reglur.

BioCASE tækni

Oft hefur nafnið BioCASE verið notað til að vísa til tækninnar sem var þróuð í BioCASE verkefninu. Sérstaklega er átt við BioCASE samskiptareglurnar og BioCASE hugbúnaðinn. Þessi tækni gerir því kleift að tengja hvaða gagnagrunn sem er við GBIF og BioCASE netverkið.

Frekari upplýsingar má finna á heimsækið heimasíðu BioCASE verkefnisins.

BioCASE er byggt á eldri verkefnum; CDEFD, BioCISE og ENHSIN. Þessi verkefni lögðu grunninn að þróun á virkri þjónustu til að gera hina gífurlegu líffræði þekkingu sem safnað var í þessum fyrri verkefnum aðgengilega.

Î gegnum BioCASE, sem var styrkt af EB (2001-2004), hafa samstarfsaðilar frá 31 landi byggt upp netverk, byggt á frumupplýsingum úr þúsundum af líffræðilegum söfnum til að byrja með, þar á eftir uppbyggingu á netverki með aðgengi að upplýsingunum frá grunnstigi (unit-level). "Unit-level" data eða upplýsingar frá grunnstigi eru upplýsingar úr einstökum söfnunum eða rannsóknar einingum, þ.e. skrár frá einstökum söfnunum eða mælingum. Hins vegar "collection-level metadata" eða upplýsingasamsöfn safnana samanstanda af skrám sem lýsa heilum söfnunum slíkra eininga. Þessar upplýsingar eru á ýmsu formi frá XML og texta skrám til mynda með hárri upplausn og jafnvel myndskráa.

Stöðug þróun BioCASE, sem og notenda aðstoð, var og er stutt af verkefnum Evrópubandalagsins ENBI og SYNTHESYS, ásamt öðrum verkefnum eins og GBIF spegil og afritunar verkefninu.

BioCASE og GBIF - Sameiginlegir og viðbótareinleikar

GBIF, the Global Biodiversity Information Facility eða Upplýsingastofnun líffræðilegs heimsfjölbreytileika er frumvísindalegt verkefni sem stefnir að "gera frumupplýsingar varðandi líffræðilegs fjölbreytileka heimsins auðveldlega aðgengilegan öllum gegnum veraldarvefinn" (www.gbif.org). GBIF einbeitir sér eins og er að gátlista tegundanna (til að skapa rafrænan skrá nafngreindra lífvera) og að samansöfnun heimkynna tegundanna ("unit-level data", þ.e. upplýsingar um einstaka safnmuni eða rannsóknar einingum).

BioCASE og GBIF hafa markmið sem skarast. Bæði fjalla um safnaupplýsingar, en GBIF einblínir á rafrænar frumupplýsingar, meðan BioCASE felur einnig í sér upplýsingasamsafn um safnanir sem ekki er að finna í gagnagrunnum. Hins vegar er GBIF heimsyfirgrip og fjallar einnig um auðlindanýtingu tegundanna, meðan safnanir innan Evrópu eru aðal viðfangsefni BioCASE verkefnisins (þá er átt við rannsóknir styrktar af EB). Þetta á einnig við um verkefni tengd BioCASE í Evrósku netverki um fjölbreytileika líffveranna (The European Network for Biodiversity Information, ENBI), um Species 2000europa, og um Networking Activity D í SYNTHESYS verkefninu, sem Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF), hafði frumkvæðið af.

GBIF og BioCASE hafa sömu stefnu um opinn aðgang að gögnum. Allur hugbúnaður sem BioCASE þróar birtur með opnu leifi fyrir almenning. Aðilar nota BioCASE búnað samþykkja almenna birtingu gagnanna á veraldarvefnum. Hvorki GBIF né BioCASE hefta aðra í að byggja upp sérstakar gáttir með því að nota gögn þeirra eða með því að nota hugbúnað eða aðra þjónustu þróaða fyrir opinn aðgang, svo framarlega sem skilyrði þeirra sem leggja inn gögnin séu virt.

GBIF hefur hafið tæknilega þróun á BioCASE:
GBIF viðurkennir drögin að ABCD skemanu sem lagt var fram 2002 varðandi staðla um framtíðar söfnun á upplýsingum á grunnstigi (þ.e. skrár um einstaka safnmuni eða mælingar). BioCASE lagði að miklu leiti vinnuna í þróun á ABCD (ásamt fyrirrennararnum, ENHSIN), sem er byggt á upplýsingarmódelum frá CDEFD, BioCISE, og m.a. Recorder verkefnið í Bretlandi. ABCD er notað til gagnaflutninga í BioCASE netverkinu. Að frátöldu því að leyfa nákvæma gagnarleit og framtíðar rannsóknanotkun, þá styður ABCD einnig víðtæka frumupplýsingasöfnun á vitsmunalegum eiginleikaréttum (intellectual property rights, IPR) og öðrum réttum, þar af leiðandi tryggir það þeim sem leggja inn gögn höfundarrétt, rétt umboð og notkun gagna þeirra. ABCD hefur verið viðurkennt sem staðall af vinnuhópi í Taxonomic Databases Working Group árið 2005.

Eftir þróun frumgerðar árið , hefur GBIF einnig viðurkennt samskiptareglur BioCASE gagnaflutningarkerfisins sem valkostur á móti DiGIR samskiptareglunum. BioCASE veitir GBIF fullan aðgang að gögnum sínum. Þetta þýðir að ef lögð hafa verið inn gögn í BioCASE þá verða þessi gögn lögð inn í GBIF í framtíðinni.



The Biological Collection Access Service for Europe, BioCASE, er et multinasjonalt nettverk for alle typer biologiske samlinger. Bruken av "open source"-basert og systemuavhengig programvare og "open data"-standarder og -protokoller, gjør det mulig for BioCASE å gi en bred og enhetlig tilgang till utspredte og heterogene Europeiske samlings- og observasjonsdatabaser.

BioCASE teknologi

Ordet BioCASE blir ofte brukt for å referere til teknologien som ble laget under BioCASE prosjektet, særlig BioCASE protokollen og BioCASE leverandør programvare. Denne teknologien gjör det mulig å koble en vilkårlig strukturert database til GBIF og BioCASE nettverket.

Gå til BioCASE Enhetens nettverkside for mer informasjon

BioCASE bygger på forgjengerprojektene CDEFD, BioCISE, and ENHSIN. Disse la grunnen for implementeringen av en fullstendig funksjonell tjeneste som gir tilgang til den enorme biologiske kunnskapsbank som de biologiske samlingene utgjør.

Under BioCASEs EU-finansierte prosjektfase (2001-2004) etablerte samarbeidspartnere fra 31 land nettverket, som først ble rettet mot meta-informasjon om tusentalls biologiske samlinger. Senere ble et nettverk for tilgjengelighet på "objektnivå" (unit-level access network) utviklet. Informasjon på "objektnivå" består av individuelle samlings- eller observasjonsobjekter, d.v.s. dataposter som består av individuelle eksemplarer eller observasjoner. "Metadata på samlingsnivå" består derimot av dataposter som beskriver hele samlinger av slike objekter. Denne informasjonen levereres i ulike typer av format - alt fra XML- og tekst-filer til høyoppløste bilder eller t.o.m. videofiler.

Den kontinuerlige utviklingen av BioCASE, inklusive bruker- og dataleverandørsupport, har blitt eller blir støttet av såvel EU-prosjektene ENBI og SYNTHESYS, som andre initiativer slik som GBIF mirror and replication project.

Om BioCASE og GBIF

The Global Biodiversity Information Facility (GBIF) er et "mega-science"-prosjekt som har som mål "å gjøre verdens primærdata om biodiversitet gratis og universelt tilgjengelig via Internet" (www.gbif.org). GBIF fokuserer for tiden på sjekklister over informasjon om arter (for å skape en elektronisk katalog over navngitte organismer) og på å samle informasjon om primærarters forekomster (informasjon på "objektnivå", d.v.s. dataposter angående eksemplarer eller observasjoner).

GBIF og BioCASE deler samme filosofi om fri tillgjengelighet til dataressurser. Verken GBIF eller BioCASE forhindrar andre i å bygge spesialiserte portaler basert på datakildene, eller fra å bruke programvarer og tjenester som har blitt utviklet for det allmenne domenet, forutsatt at dataleverandørenes vilkår blir respektert.

GBIF har tatt i bruk teknikk som ble utviklet av BioCASE:
GBIF aksepterte i 2002 utkastet ABCD schema som en framtidig samlingsdata standard for data på objektnivå (dvs. data om eksemplarer og observasjoner). ABCD ble utviklet med stor input fra BioCASE (og en av dens forgjengere, ENHSIN), og bygger på informasjonsmodeller utviklet av CDEFD, BioCISE, og bl.a. "the Recorder project" i Storbritannia. ABCD blir brukt til dataoverföring i BioCASE nettverket. Foruten å tilføre svart detaljerte data for å støtte data minering og framtidig forskningsanvending, så støtter ABCD også ekstensive metadata om intellektuelle eierrettigheter (intellectual property rights, IPR) og andre rettigheter, noe som muliggjør at dataleverandører kan gjøre krav når det gjelder opphavsrettslig beskyttelse (copyright), passende akreditering, og bruk av deres data. ABCD har blitt akseptert som en standard av the Taxonomix Databases Working Group i 2005.

Etter utviklingen av en arbeidsprototype år 2003, aksepterte GBIF overføringsprotokollen til BioCASE som et alternativ til DiGIR protokollen. BioCASE vil gi GBIF fullstendig tillgang till sine fortegnelser. En BioCASE-leveradør er dermed også en GBIF-leverandør.



The Biological Collection Access Service for Europe, BioCASE, är ett transnationellt nätverk för biologiska samlingar av alla slag. BioCASE möjliggör åtkomst av olikartade samlings- och observationsdatabaser med hjälp av systemoberoende mjukvara med öppen källkod, och öppna standarder och protokoll.

BioCASE-teknologi

Ordet BioCASE används ofta för att hänvisa till teknologin som utvecklades under BioCASE-projektet, speciellt BioCASE-protokollet och mjukvara utvecklad för dataleverantörer (BioCASE provider software). Denna teknologi gör det möjligt att koppla en godtyckligt strukturerad databas till GBIF och BioCASE-nätverket.

Gå till BioCASE Unit network för mer information

BioCASE bygger på föregångsprojekten CDEFD, BioCISE och ENHSIN. Dessa lade grunden för implementering av en fullt fungerande tjänst för att tillgängliggöra det enorma förråd av biologisk kunskap som de biologiska samlingarna utgör.

Under den EU-finanansierade projektfasen (2001-2004) av BioCASE lade samarbetspartners från 31 länder grunden för ett nätverk, som först inriktades på metainformation om tusentals biologiska samlingar. Sedan följde ett nätverk med tillgänglighet på objektnivå (unit level access). Med objektnivå menas data om individuella samlings- och observationsenheter, det vill säga enskilda objekt och observationer (poster) i databaserna. Informationen levereras i format alltifrån XML- och textfiler till högupplösta bilder och videofilmer.

Den fortlöpande utvecklingen av BioCASE, liksom stöd till användare och dataleverantörer för stöd av EU projekten ENBI och SYNTHESYS, och även av andra initiativ såsom GBIF mirror and replication project.

BioCASE och GBIF - gemensamma och kompletterande uppdrag

GBIF, the Global Biodiversity Information Facility, är ett mega-scienceproject med det övergripande målet att göra världens primärdata om biodiversitet fritt tillgängliga via Internet (www.gbif.org). GBIF fokuserar nu på checklistor över arter (för att skapa en elektronisk katalog över namngivna organismer) och på att samla information om arters förekomster (data på objektnivå, d v s dataposter för exemplar eller observationer).

BioCASE och GBIF har överlappande motiv. Båda arbetar med samlingsdata, men GBIF koncentrerar sig på digitaliserade objekt och observationer, medan BioCASE även inkluderar metadata om samlingar som inte datalagts. GBIF är ett globalt projekt medan BioCASE fokuserar på europeiska samlingar. Det är också fallet för BioCASE-relaterade uppdrag inom European Network for Biodiversity Information (ENBI), Species 2000europa och SYNTHESYS project-projektet Networking Activity D som initierades av Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF).

GBIF och BioCASE delar samma filosofi om fri tillgänglighet av dataresurser, och all programvara utvecklad av BioCASE ges ut under öppen licens. Alla dataleverantörer som installerar BioCASE wrapper måste acceptera att deras information publiceras på Internet. Varken GBIF eller BioCASE motsätter sig att andra bygger upp specialiserade dataportaler med hjälp av mjukvara och tjänster utvecklade för allmän egendom, förutsatt att dataleverantörernas villkor respekterads.

GBIF har tagit upp den tekniska utvecklingen från BioCASE:
GBIF accepterade utkastet till ABCD-protokollet 2002 som en framtida standard för data på objektnivå (d v s dataposter för exemplar och observationer). ABCD utvecklades med inflytande från BioCASE (och en av dess föregångare, ENHSIN), och byggde på informationsmodeller utvecklade av CDEFD, BioCISE, och the Record Project i Storbritannien. ABCD används för överföring av data inom BioCASE-nätverket. Förutom att tillgängliggöra detaljerade data för att stödja data-mining och framtida forskartjänster, stöder ABCD även extensiva metadata och intellektuella ägarrättigheter (intellectual property rights, IPR) och andra rättigheter. ABCD säkerställer därmed dataleverantörernas rättigheter till upphovsrätt, korrekt ackreditering och användning av deras data. ABCD upptogs som standard av Taxonomic Databases Working Group Group 2005.

Efter utvecklingen av en arbetsprototyp 2003 accepterade GBIF BioCASEs överföringsprotokoll som ett alternativ till DiGIR-protikollet. BioCASE kommer att ge GBIF fullständig tillgång till sina register. Det betyder att de som levererar data till BioCASE kommer i framtiden också att leverera till GBIF.



欧洲生物标本库接入服务系统BioCASE是一个跨国界的各种生物标本库网络BioCASE通过采用开放源码系统独立软件以及开放的数据标准和协议,能够广泛地统一地连接分布于欧洲各地各种生物标本库和观察数据库。

BioCASE技术:

通常BioCASE一词是指在BioCASE 这一课题中所创造的技术,特别是 BioCASE 协议和 BioCASE供应者软件。这种技术可以将任意结构的数据库与GBIFBioCASE网络相连。

点击BioCASE单元网络家页获得更多信息

BioCASE是建立CDEFDBioCISE, 和 ENHSIN 这些早期项目。这些项目给解开由生物标本库所形成的的生物知识库一个全功能服务奠定了基础。

BioCASE 欧盟项目资助阶段 (2001-2004)来自31个国家的合作伙伴建立了一个网络,从数千个生物标本库的元信息meta-information) 开始,完成了单元级接入网络(unit-level access network)单元数据是指单独标本库和观察单元,即个别的标本和观察记录。与此相对应,标本库级元数据则包含了描述全部标本库这类单元的记录。这些信息可以是XML语言文本数据,高分辨图像乃至视频文件等不同文件格式。

BiOCASE 的持续发展以及户和数据应者的支持,得到了欧盟项目ENBI SYNTHESYS 以及 GBIF镜像和复制课题等其他项目的资助。

BioCaseGBIF - 共同和互补的功能

GBIF全球生物多样性信息机构是一个大科学项目,其主要目标是使世界上主要的生物多样性数据通过因特网(www.gbif.org 从世界各地免费获得GBIF 目前主要工作集中在建立物种种类名录数据 (创建一个已被命名的生物物种电子目录) 以及主要物种的分布数据的策划动员“unit-level data”,即单元级数据,为标本和观察记录)

BioCASE GBIF具有部分重叠的目标。两者均包含标本库数据,但是GBIF主要致力于数字化单元级资源,而BioCASE还包括了非数据化的标本库元信息。另一方面,GBIF主要面对全球范围并覆盖物种数据资源,而目前的BioCASE项目则主要致力于欧洲的标本库 (这里的欧洲欧盟的研究资助)这同样也体现在同BioCASE相关的工作包,如欧洲生物多样性信息网络(ENBI),Species 2000europa,以及欧洲分类机构联盟(CETAF)发起的SYNTHESYS项目中的网际行动D

GBIFBioCASE 分享相同的理念,即开放接入数据资源。所有由BioCASE的软件均通过公共许可证发布。数据提供者通过安装一个BioCASE,即接受在因特网他们的数据这一事实。无论GBIF还是BioCASE均不排斥他人建立特别的入口使用数据资源,并利为公共域名开发出来的软件和服务,只要他们遵守数据提供者的规定。

GBIF使用BioCASE的技术发展
GBIF 2002年接受了ABCD 计划草案作为未来单元级标本库数据标准(亦即标本和观察记录数据) ABCD主要由BioCASE ( 及前期项目之一, ENHSIN)开发,以CDEFDBioCISE和英国的Recorder项目inter alia发展的信息模型为基础ABCDBioCASE网络中被用来作数据传输。除了允许提供十分详细的数据以支持数据挖掘和进一步的研究应用,ABCD还支持巨大的元信息的知识产权IPR及其他权利因此确保数据提供者版权,授权委托,以及使用他们的数据进行申明ABCD2005年被分类数据库工作组(Taxonomic Databases Working Group接受为标准。

2003年一个工作原型被开发后,GBIF接受BioCASE 数据传输协议作为一个可供选择的DiGIR 协议BioCASE将提供对GBIF注册的完全接入。因此作为BioCASE的提供者意味着在未来也将成为GBIF的提供者